Réforme
La Réforme scinda véritablement l’Ancienne Confédération. Les cantons primitifs d’Uri, Schwytz, Unterwald, Lucerne ainsi que Fribourg, le Valais et l’actuel canton du Tessin restèrent entièrement fidèles à l’ancienne foi, les cantons de Bâle, Zurich et Berne passèrent à la Réforme alors qu’il y eut, dans certains autres cantons comme les Grisons, Soleure, St-Gall et la Thurgovie, aussi bien des communes catholiques que réformées. Les centres de la Réforme étaient Bâle (les humanistes), Zurich (Ulrich Zwingli) et Genève (Jean Calvin).
On parle encore aujourd’hui de cantons catholiques et réformés alors que l’immigration a rendu les catholiques majoritaires même dans les villes de la Réforme que sont Zurich et Genève.
L’hostilité entre partisans de chacune des confessions était grande et provoqua des conflits armés entre les Confédérés. Le réformateur zurichois Ulrich Zwingli mourut sur le champ de bataille de la seconde guerre de Kappel qui opposa les cantons réformés aux catholiques (1531).
Les idées de la Réforme firent souffler dans la population rurale un esprit de résistance contre le pouvoir des villes et le clergé, ce qui provoqua localement, en Suisse aussi, des guerres des Paysans. Un chapitre sanglant de l’histoire de la Réforme en Suisse concerne le mouvement anabaptiste de tendance évangélique dont les réformés pousuivirent, arrêtèrent, persécutèrent, exécutèrent, chassèrent les adeptes. En 2008, réformés et anabaptistes affirmèrent leur reconnaissance mutuelle dans un acte de pardon et de réconciliation.