Reformation
In der alten Eidgenossenschaft bewirkte die Reformation eine eigentliche Spaltung des Landes. Die Urkantone Uri, Schwyz, Unterwalden, Luzern sowie Freiburg, Wallis und der heutige Kanton Tessin blieben gänzlich beim alten Glauben, die Kantone Basel, Zürich und Bern wurden reformiert und in einigen weiteren wie Graubünden, Solothurn, St. Gallen und Thurgau gab es sowohl katholische wie reformierte Gemeinden. Zentren der Reformation waren Basel (Humanisten), Zürich (Huldreych ZwingIi) und Genf (Jean Calvin).
Von reformierten und katholischen Kantonen ist noch heute die Rede, wenngleich auch in den Reformationsstädten Zürich und Genf die Katholiken dank der Zuwanderung inzwischen zahlenmässig die Mehrheit stellen.
Die Feindschaft zwischen den Anhängern der beiden Konfessionen war gross, sie führte zu kriegerischen Auseinandersetzungen zwischen den Eidgenossen. Der Zürcher Reformator Huldreych Zwingli endete auf dem Schlachtfeld des zweiten Kappeler Krieges der reformierten Kantone gegen die katholischen (1531).
Die Ideen der Reformation weckten bei der Landbevölkerung den Widerstandsgeist gegen die städtische Vorherrschaft und den Klerus, weshalb es auch in der Schweiz zu lokalen «Bauernkriegen» kam. Ein blutiges Kapitel der Schweizer Reformationsgeschichte betrifft die evangelisch gesinnte Täuferbewegung. Deren Anhänger wurden von reformierter Seite verfolgt, verhaftet, gefoltert, getötet, vertrieben. 2008 wurde in einem Vergebungs- und Versöhnungsakt zwischen Reformierten und Täufern die gegenseitige Anerkennung bekräftigt.